۱. باردار (زنجیرهای جانبی غالبا پل‌های نمکی ایجاد می‌کنند):

الف. آرژینین – Arg – R 
ب. لیزین – Lys – K
پ. اسید آسپارتیک – Asp – D
ت. اسید گلوتامیک – Glu – E

۲. قطبی (معمولا در پیوندهای هیدروژنی، به صورت دهنده یا گیرنده‌ی پروتون شرکت می‌کنند):

الف. گلوتامین – Gln – Q
ب. آسپاراژین – Asn – N
پ. هیستیدین – His – H
ت. سرین – Ser – S
ث. ترئونین – Thr – T
ج. تیروزین – Tyr – Y
چ. سیستئین – Cys – C
ح. تریپتوفان – Trp – W

آب گریز (به طور معمول درون هسته‌ی پروتئین پنهان است):

الف. آلانین – Ala – A
ب. ایزولوسین – Ile – I
پ. لوسین – Leu – L
ت. متیونین – Met – M
ث. فنیل‌آلانین – Phe – F
ج. والین – Val – V
چ. پرولین – Pro – P
ح. گلیسین – Gly – G